Сюжет фильма основан на вспышке Четвертой мировой воины между странами Шиноби, когда Ниндзя, обладающие уникальными способностями (Kekkei Genkai), начинают исчезать из Комогакуре, Ивагакуре, Киригакуре, и Суногакуре. Страна Огня единственная не подверглась нападению, поэтому все подозрения падают на нее, остальные Страны Шиноби начинают готовить план нападения! В Страну Огня вторгаются Шиноби с разных селений и говорят, что если это не прекратится, они будут вынуждены напасть на Коноху! Глава Страны Огня Дайме приказывает Цунаде любыми путями доказать что Коноха не виновата. В случае, если ей не удастся доказать невиновность Конохи, Страна Огня будит вынуждена разрушить деревню чтобы сохранить мир между Странами Шиноби!

Настоящий преступник и главный герой фильма, Хируко, является беглым ниндзя (Нукенин), пропавшим из Конохи еще во времена Третей Мировой Воины Шиноби. Хируко многие годы занимался разработкой Техники Химеры, которая позволяет ему поглощать Чакру и Кекей Генкай других Ниндзя. По сюжету фильма Хируко вместе со своей командой (Ичи, Ни, и Сан) разбивают Лагерь на Горе Шами на границе Конохи и Ивогакуре. С помощью Гендзюцу он проектирует себя в небе Пяти Великих Стран Шиноби объявляя что он получит Кекей Генкай Страны Огня и станет бессмертным и непобедимым, а потом начнет Четвертую Мировою Войну Шиноби. Хируко хочет получить последний из Кекей Генкай Конохи - Шаринган Какаши!